Новая разработка Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ coronaSPAdes позволяет собирать геномы РНК-вирусов, в частности коронавирусов. С ее помощью уже удалось восстановить последовательности геномов ранее неизвестных коронавирусов. Модуль coronaSPAdes используют ученые из разных стран мира для анализов патогенов, вызвавших вспышку Ближневосточного респираторного синдрома (MERS) в Саудовской Аравии, Эболы в Конго, гонореи в Англии, менингита в Гане и других вспышек. 

В пресс-службе СПбГУ рассказали, что сборщик spades и его различные режимы позволяют расшифровывать геномы живых организмов, в том числе вирусов. Проблема заключается в том, что биологи не умеют читать геномы от начала и до конца. Вместо этого они прочитывают небольшие фрагменты, а после собирают их в полный текст. Для решения проблемы необходимо использовать геномные сборщики. На создание модуля Центр сподвигли запросы ученых. 

Модуль coronaspades учитывает особенности данных секвенирования РНК, а также реализует уникальные алгоритмические решения, нацеленные на улучшение восстановления последовательности генома коронавирусов. Заложенные в модуле подходы можно будет использовать и для разработки новых сборщиков, использующих информацию о структуре иным типов геномов. 

«Эпидемиологическая обстановка в мире не позволяет ученым и медикам расслабиться – не успели еще справиться с коронавирусом, как появились сообщения о возможно новом штамме свиного гриппа. Выяснить, действительно ли этот штамм новый или ранее известный сезонный штамм, в первую очередь поможет анализ его генома. На днях появились новые сообщения о случаях бубонной чумы в Китае. В такой обстановке возрастает потребность в аналитических методах и грамотных специалистах», – рассказала заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии Института трансляционной биомедицины СПбГУ Алла Лапидус.